En general el manejo de la R1 se ha mejorado a través de varios cambios en el chasis y suspensión. Un marco nuevo sub fue diseñado para el 09 R1 que se echa en un molde de magnesio fibra de carbono. Este marco ofrece un nuevo sub fuerza superior al cociente de peso, mientras que ayuda a mantener la masa más cerca del centro de gravedad y posteriormente se trasladaban a la bicicleta mayor rendimiento en el manipuleo. El amortiguador trasero en la 09 ofrece una velocidad variable de amortiguamiento, así como un fácil para ajustar la precarga a través de un tornillo de ajuste. El amortiguador trasero ahora conecta debajo del brazo oscilante a través de enlaces diferentes, un cambio de los modelos de años anteriores. La suspensión delantera se inspira en la M1 como el tenedor a la izquierda controla la amortiguación de compresión, mientras que la derecha controla los derechos de rebote. Como un bono adicional a la manipulación y la seguridad global, este es el primer año los desarrolladores de Yamaha incluye un amortiguador de dirección electrónica en una producción de R1
